Τὴν 20 Νοεμβρίου 1839 ἀπολυθεὶς τῆς θέσεως τοῦ παρὰ τῇ ἱερᾷ συνόδῳ γραμματέως διωρίσθη τακτικὸς καθηγητὴς τῆς θεολογίας ἐν τῷ πανεπιστημίῳ[1]. Τὴν ἀπὸ τῆς ἱερᾶς Συνόδου ἀπομάκρυνσίν του θεωρήσας ὁ Φαρμακίδης ὡς ὑπενεργηθεῖσαν ὑπὸ τοῦ Κωνσταντίνου Οἰκονόμου, ἐδημοσίευσε τὴν Ἀπολογίαν, ἐν ᾗ λάβρος ἐπιπίπτει κατ’ αὐτοῦ. Ἀναλαβὼν ὕστερον τὴν παρὰ τῇ Συνόδῳ θέσιν τοῦ γραμματέως διετήρησεν αὐτὴν μέχρι τοῦ κατὰ Μάϊον τοῦ 1862 ἐπέλθόντος θανάτου του.
Ὁ Φαρμακίδης ἦν ἐκ τῶν καλῶν ἑλληνιστῶν καὶ θεολόγων τοῦ καιροῦ του, δὲν εἰργάσθη ὅμως ὑπὲρ τῆς θρησκείας τῶν πατέρων του μετὰ τῆς αὐτῆς εἰλικρινείας, μεθ’ ἧς ὑπὲρ τῆς ἐλευθερίας τῆς πατρίδος του ἐπρομάχησεν. Ὁ κατὰ τῆς μεγάλης ἐκκλησίας Ἀντίτομός του εἶναι σάτυρα ἐλεεινὴ κατὰ τῆς ὀρθοδόξου ἐκκλησίας, ἐν ᾗ ἀσέμνως μυκτηρίζεται ἡ ἐν Κωνσταντινουπόλει Σύνοδος, ἥτις χάριν τοῦ ἑλληνισμοῦ προθύμως ἀναγνωρίσασα τὴν ἀνεξαρτησίαν τῆς ἑλληνικῆς ἐκκλησίας ἐδικαιοῦτο μάλιστα νὰ προσδοκᾷ δείγματα τῆς ἡμετέρας εὐγνωμοσύνης.
—Στοιχεῖα τῆς Ἑλληνικῆς γλώσσης εἰς χρῆσιν τῶν σχολείων τῆς Ἑλλάδος. Ἐν Βιέννῃ 1815. —(Ἡ ἑλληνικὴ αὕτη ἐγκυκλοπαιδεία συνετέθη ὑπὸ Φριδερίκου Ἰακωβσίου, καὶ διαῤῥυθμισθεῖσα ὑπὸ Θ. Φαρμακίδου ἐχρησίμευσεν ὡς τὸ μόνον ἑλληνικὸν κείμενον διὰ τὰ σχολεῖα, ἀντὶ τῆς τέως εἰσηγμένης τοῦ Πατούσα· μετατυπώθη δ’ ἐν Κερκύρᾳ καὶ ἐξεδίδοτο Ἀθήναις, μέχρις ὅτου ἔπαυσεν ἡ χρῆσις αὐτῆς διὰ τῆς ὑπὸ Α. Κορομηλᾶ ἐκδοθείσης Χρηστομαθείας τῶν Α. Ῥαγκαβῆ καὶ Σ. Βυζαντίου).
—Γενικὴ Ἐφημερὶς. Ἐν Ναυπλίῳ 1825 — 27.
—Περὶ Ζαχαρίου υἱοῦ Βαραχίου. Ἐν Ἀθήναις 1838.
—Ὁ ψευδώνυμος Γερμανός. Ἐν Ἀθήναις 1838.
—Ἀπολογία. Ἐν Ἀθήναις 1840 (ἐξεδόθη δὶς ἀμετάβλητος ἐκ τῆς τυπογραφίας Ν. Ἀγγελίδου).
—Περὶ ὅρκου. Ἐν Ἀθήναις 1840.
—Ἡ Καινὴ Διαθήκη μετὰ ὑπομνημάτων ἀρχαίων. Ἐν Ἀθήναις 1844 τόμ. 7.
—Ὁ Συνοδικὸς Τόμος ἡ περὶ Ἀληθείας, ἐν Ἀθήναις 1852. (Οὗτός ἐστιν ὁ διαβόητος Ἀντίτομος ἢ ἐπίκρισις τοῦ ἐπὶ πατριάρχου Ἀνθίμου ἐκδοθέντος συνοδικοῦ τόμου πρὸς ἀναγνώρισιν τοῦ αὐτοκεφάλου τῆς Ἑλληνικῆς Ἐκκλησίας).
—Πάμπολλαι διατριβαὶ ἐν τῷ Λογίῳ Ἑρμῇ (1816 — 1819) καὶ ἐν τῇ Ἀθηνᾷ πολιτικῇ τῶν Ἀθηνῶν ἐφημερίδι.
- ↑ Θ. Φαρμακίδου ἀπολογία.
