− Άμεση εφαρμογή συστημάτων περιβαλλοντικής διαχείρισης στους λιμένες και συστημάτων για την πρόληψη και αντιμετώπιση θαλάσσιων περιβαλλοντικών ατυχημάτων, καθώς επίσης και δημιουργία κατάλληλων λιμένων καταφυγής.
− Ενιαίος σχεδιασμός και διαχείριση όλου του λιμενικού συστήματος της Αττικής. Σταδιακή μεταφορά ακτοπλοϊκών υπηρεσιών από τον κεντρικό λιμένα του Πειραιά στους λιμένες της Ραφήνας και του Λαυρίου. Ο κεντρικός λιμένας του Πειραιά θα εξακολουθεί να διατηρεί ακτοπλοϊκές υπηρεσίες, κυρίως για την περιοχή του Αργοσαρωνικού. Ωστόσο, θα εξειδικευτεί στον κλάδο της κρουαζιέρας, ενώ σημαντικό τμήμα του θα αποδοθεί αναβαθμισμένο στην αστική περιοχή των παράκτιων ΟΤΑ της ευρύτερης πόλης του Πειραιά. Το τμήμα του Ικονίου−Περάματος, σε συνδυασμό με τις εγκαταστάσεις του λιμένα της Ελευσίνας και της ευρύτερης παράκτιας περιοχής μαζί με τις εγκαταστάσεις ναυπηγοεπισκευών στο Πέραμα και το εμπορευματικό κέντρο του Θριασίου Πεδίου, οφείλουν να αποτελέσουν ένα κοινό σύνολο εμπορευματικών και συνδυασμένων μεταφορών, καθώς και παροχής υπηρεσιών εφοδιαστικής (logistics).
− Αναβάθμιση του λιμένα της Θεσσαλονίκης, σε λιμένα παροχής λιμενικών υπηρεσιών διεθνούς εμβέλειας με χωρική επιρροή πέραν των Βαλκανίων (έως τις Σκανδιναβικές χώρες και τη Ρωσία). Προϋπόθεση για τα παραπάνω είναι να αποκτήσει σύνθετες και ολοκληρωμένες υπηρεσίες μεταφορτώσεων και υπηρεσιών εφοδιαστικής. Στο πλαίσιο αυτό κρίνεται σκόπιμο να εξεταστεί, και ενδεχομένως να προωθηθεί εκ νέου, η απευθείας σιδηροδρομική σύνδεση του λιμένα της Θεσσαλονίκης με το βουλγαρικό ποτάμιο λιμένα Lom, με σκοπό τη συνδυασμένη μεταφορά εμπορευματοκιβωτίων από και προς τη Δυτική Ευρώπη μέσω ποτάμιων μεταφορών. Συμπληρωματικά προς το λιμένα της Θεσσαλονίκης μπορεί να λειτουργήσει ο εμπορευματικός λιμένας της Καβάλας στο βαθμό που αναβαθμιστεί η χερσαία σύνδεσή του με τα μεταφορικά δίκτυα των Βαλκανίων.
− Με την ολοκλήρωση του νέου τμήματος του λιμένα της Πάτρας και με την αναβάθμιση του σιδηροδρομικού και οδικού δικτύου της περιοχής (ΠΑΘΕ και Δυτικός Άξονας), o λιμένας θα αναβαθμισθεί σημαντικά τόσο σε ό,τι αφορά τον κλάδο των επιβατικών όσο και σε ό,τι αφορά τον κλάδο των εμπορευματικών μεταφορών. Με τη δημιουργία εξειδικευμένων υποδομών εφοδιαστικών υπηρεσιών και την ενεργοποίηση του Αδριατικού / Ιόνιου Θαλάσσιου Αυτοκινητόδρομου, ο οποίος έχει ενταχθεί στα Διευρωπαϊκά Δίκτυα Μεταφορών, θα ενισχυθεί περαιτέρω το μεταφορικό του έργο.
− Ο λιμένας του Ηρακλείου, στο χρονικό ορίζοντα εφαρμογής του Πλαισίου, κρίνεται σκόπιμο να επενδύσει περαιτέρω στην ανάπτυξη υποδομών ακτοπλοΐας, φιλοξενίας κρουαζιέρας (κυρίως) και θαλάσσιου τουρισμού. Η εμπορευματική του δραστηριότητα εξαρτάται από τη δημιουργία εξειδικευμένου κομβικού λιμένα εμπορευματοκιβωτίων (hub) στη νότια Κρήτη, την ενεργοποίηση του Αδριατικού / Ιόνιου Θαλάσσιου Αυτοκινητόδρομου των Διευρωπαϊκών Δικτύων Μεταφορών και από την αύξηση του όγκου αλλά και την αλλαγή του τρόπου διάθεσης και εμπορίας των αγροτικών προϊόντων της Κρήτης. Συμπληρωματικό ρόλο προς αυτόν του λιμένα του Ηρακλείου, στις επιβατικές και εμπορευματικές μεταφορές, μπορεί να επιτελέσουν οι λιμένες της Σούδας, του Ρεθύμνου και της Σητείας. Υπηρεσία (hub) για εμπορευματικές μεταφορές προτείνεται να υποστηριχθεί και από νέο σύνθετο εμπορικό – επιβατικό λιμένα στο νότιο−κεντρικό ή νότιο−ανατολικό άξονα της Κρήτης, που θα λειτουργήσει ως νότια πύλη της χώρας.
− Ο λιμένας του Βόλου, στο χρονικό ορίζοντα εφαρμογής του Πλαισίου, κρίνεται σκόπιμο να επενδύσει περαιτέρω σε υποδομές ακτοπλοΐας, φιλοξενίας κρουαζιέρας και θαλάσσιου τουρισμού, καθώς και σε υποδομές εμπορευματικών μεταφορών.
− Ο λιμένας της Αλεξανδρούπολης μπορεί να επεκταθεί και να αναβαθμισθεί σε εξειδικευμένο τερματικό πετρελαϊκό λιμένα (oil terminal) διατηρώντας παράλληλα τον αρχικό σχεδιασμό του για διακίνηση εμπορευματοκιβωτίων και των χύδην φορτίων. Οι υπεράκτιες εγκαταστάσεις (off shore) και οι λιμενικές εγκαταστάσεις οφείλουν να υποστηρίξουν, με την υψηλότερη δυνατή ασφάλεια και ποιότητα, την πετρελαϊκή διακίνηση και το υψηλό φυσικό περιβάλλον, καθώς επίσης και τις σχετικές δραστηριότητες προστιθέμενης αξίας που θα δημιουργηθούν στην εγγύς περιοχή (διυλιστήρια, εγκαταστάσεις αποθήκευσης πετρελαιοειδών, εγκαταστάσεις εφοδιασμού πλοίων, εγκαταστάσεις πρόληψης και αντιμετώπισης ναυτικών ατυχημάτων κ.ά.).
− Εκσυγχρονισμός και αναβάθμιση του λιμένα της Ρόδου. Οι υφιστάμενες λιμενικές εγκαταστάσεις στην πόλη της Ρόδου πρέπει να αποδοθούν, κυρίως, σε υψηλής ποιότητας τουριστική χρήση (κρουαζιερόπλοια, σκάφη αναψυχής, ημερόπλοια, ταχύπλοα ακτοπλοϊκά χωρίς αυτοκίνητα) για την εξυπηρέτηση της διεθνούς τουριστικής κίνησης και της προστασίας και ανάδειξης του Παγκόσμιου Πολιτιστικού Μνημείου της Μεσαιωνικής Πόλης. Η ακτοπλοϊκή και εμπορευματική κίνηση της νήσου Ρόδου μπορεί να ικανοποιηθεί και από άλλες αναβαθμισμένες λιμενικές εγκαταστάσεις όπως π.χ. αυτές της Λάρδου ή/και της Καμείρου, σε συνδυασμό με τη βελτίωση του οδικού δικτύου του νησιού.
− Ο λιμένας της Ηγουμενίτσας μπορεί να αναβαθμισθεί, από λιμένα εξυπηρέτησης οχηματαγωγών–επιβατικών πλοίων, σε σύνθετο λιμένα εξυπηρέτησης και μοναδοποιημένων εμπορευμάτων (εμπορευματοκιβώτια), ιδίως εν όψει και της διερευνώμενης λειτουργικής σιδηροδρομικής σύνδεσής του με άλλες περιοχές της ηπειρωτικής χώρας (Ηγουμενίτσα–Ιωάννινα–Καλαμπάκα και Καλαμπάκα – Κοζάνη και από εκεί με το εθνικό σιδηροδρομικό δίκτυο).
− Ο λιμένας της Καλαμάτας μπορεί να αναδειχθεί σε σύνθετο λιμένα εξυπηρέτησης της εμπορικής και της επιβατικής κίνησης, συνδεδεμένο με το σιδηροδρομικό δίκτυο.
− Ο ρόλος του λιμένα της Κύμης στις εθνικές και διεθνείς μεταφορές μπορεί να ενισχυθεί. Ο ρόλος αυτός συνδέεται άμεσα με την αναβάθμιση της σύνδεσης του λιμένα με το εθνικό δίκτυο μεταφορών και την αναβάθμιση των εμπορικών σχέσεων της χώρας με την Τουρκία.
− Η Ναυτική Βιομηχανική Περιοχή Αστακού διατηρείται ως βιομηχανικό πάρκο, σε συνδυασμό με τη δημιουργία ελεύθερης ζώνης και την επέκταση των δραστηριοτήτων της και σε υπηρεσίες κόμβου προσωρινής εναπόθεσης εμπορευματοκιβωτίων (hub).
− Όλοι οι νησιωτικοί λιμένες απαιτούν διαρκή αναβάθμιση (εξαιτίας και της τεχνολογικής εξέλιξης των πλοί-
