σκευτικῶν καινοτομιῶν τῆς Εὐρώπης ὑπέσκαπτε τὰ θεμέλια τῆς ὀρθοδόξου ἐκκλησίας, ἀποχωρίζων αὐτὴν τοῦ πατριαρχείου.
Τούτου ἕνεκα ὁ Φαρμακίδης ἐξέδωκε, τῷ 1840, τὴν ἀπολογίαν αὐτοῦ, ἀνασκευάζων λαμπρῶς τὰς κατ’ αὐτοῦ κατηγορίας. Τοῦ πνεύματος δὲ τῶν φιλορθοδόξων ἐμφορούμενον καὶ τὸ πατριαρχεῖον οὔτε τὴν καταδικάσασαν τὸν Καΐρην ἐπὶ ἀσεβείᾳ Ἱερὰν Σύνοδον τῆς Ἑλλάδος ἀνεγνώριζεν, οὐδ’ ἐδέχετο ἔγγραφον αὐτῆς· οὐδ’ αὐτὴ ἡ ἐπιστολὴ αὐτῆς, δι’ ἧς ἠγγέλετο, τῷ 1841, αὐτῷ ἡ καταδίκη τοῦ Καΐρη, ἐγένετο δεκτή.
Ἐν τῷ μεταξὺ ὅμως ἡ ὑπὸ τὴν προεδρείαν τοῦ βασιλέως κυβέρνησις ὑφίστατο καὶ αὖθις τροποποιήσεις τινάς· διότι τῇ 4ῃ Ὀκτωβρίου τοῦ 1839, παυθέντος τοῦ ἐπὶ τῶν Οἰκονομικῶν γραμματέως Σπανιολάκη, διωρίσθη τοιοῦτος ὁ Γ. Τισσαμενός, τῇ 30ῃ Δεκεμβρίου ἐπὶ τῷ ἐγερθέντι θορύβῳ τῆς ἀνακαλύψεως τῆς Φιλορθοδόξου ἑταιρείας, παυθέντος τοῦ ἐπὶ τῶν Ἐσωτερικῶν, τῶν Ἐκκλησιαστικῶν καὶ τῆς Δημοσίας ἐκπαιδεύσεως ὑπουργοῦ Γ. Γλαράκη διωρίσθη ἀντ’ αὐτοῦ ὁ Ν. Θεοχάρης· τέλος ὁ προκληθεὶς θόρυβος ἐπὶ τῇ πρὸς τὴν Τουρκίαν συνθήκῃ ἐκτραπεὶς μέχρι προπηλακισμῶν καὶ ἀναθέματος κατὰ τοῦ ἐπὶ τῶν Ἐξωτερικῶν ὑπουργοῦ Ζωγράφου, προεκάλεσε τὴν ἀποχώρησιν αὐτοῦ τῇ 16ῃ Μαΐου 1840, ἀναλαβόντος τὴν διεύθυνσιν τοῦ ἐπὶ τῶν Ἐξωτερικῶν ὑπουργείου τοῦ ὑπουργοῦ τῆς Δικαιοσύνης Α. Παΐκου.
Οὕτως ἀνασχηματισθεῖσα ἡ κυβέρνησις ἐξηκολούθει νὰ διάγῃ τὸν ταραχώδη καὶ πολυώδυνον αὐτῆς βίον ὑπὸ τὴν προεδρείαν τοῦ βασιλέως, τούτου δὲ κωλυομένου ὑπὸ τὴν προεδρείαν τοῦ Γ. Κουντουριώτου μόνον· διότι ὁ ἕτερος ἀναπληρωτὴς Δ. Ζαΐμης ἀπέθανεν εἴδη 4ῃ Μαΐου 1839.
Μεθ’ ὅλον ὅμως τὸν ἐπελθόντα ὑπουργικὸν ἀνασχηματισμὸν ἡ κατάστασις ἦτο οἰκτρά· διότι ἡ μὴ ἐπωφελὴς ἐκμετάλλευσις τῆς ἐπελθούσης κρισίμου τῆς Τουρκίας θέσεως καὶ τὰ ἄλλα πολλὰ καὶ πολυποίκιλα γεγονότα, ἅπερ ἐμνημονεύσαμεν, ἐνέτειναν τὴν ἀντιπολίτευσιν, ὑποθαλπομένην, ἥκιστα ἐντίμως, καὶ ὑπὸ τοῦ Ἄγγλου πρεσβευτοῦ Λάϊενς καὶ περιήγαγον τὸν θρόνον εἰς ὄντως κρίσιμον καὶ ἀκροσφαλὲς σημεῖον.
