ἱδρυθέντι Ὀρφανοτροφείῳ ἐξήνεγκε καὶ γνώμας περὶ θεοσεβείας ἀπᾳδούσας πρὸς τὴν ὀρθοδοξίαν.
Τοῦτο ἤρκεσε τοῖς φιλορθοδόξοις· θόρυβος ἠγέρθη, ὅτι ἡ θρησκεία ἐκινδύνευε, καθ’ ὅσον μάλιστα κοινὴ ἐπεκράτει ἐν Ἑλλάδι μυστηριώδης ὑπὸ τῶν φιλορθοδόξων ὑποθαλπομένη πεποίθησις, ὅτι τῷ 1840 ἔμελλε νὰ ἑνωθῇ σύμπας ὁ ὀρθόδοξος χριστιανισμὸς ὑπὸ ἕνα ἀρχηγὸν κατὰ τὸ εὐαγγελικὸν: «μία ποίμνη καὶ εἷς ποιμήν.»
Ἡ Ἱερὰ Σύνοδος ἀμέσως προσεκάλεσε τῇ 10ῃ Ἰουλίου 1839 τὸν Καΐρην ἵνα δώσῃ ὁμολογίαν πίστεως· ἀρνηθέντος δ’ αὐτοῦ δι’ ἐγγράφου τῆς 1ης Αὐγούστου, ἡ Κυβέρνησις ἀπῄτησε τῇ 25ῃ Αὐγούστου τὴν ὁμολογίαν δι’ ἐπιτακτικοῦ ἐγγράφου αὐστηροτέρου· ἀλλὰ καὶ αὖθις ἐκεῖνον ἀποφυγόντα τῇ 14ῃ Σεπτεμβρίου πεμφθεὶς ὑπὸ τῆς Κυβερνήσεως ὁ Κωνσταντῖνος Κανάρης, μοίραρχος τοῦ στόλου μετήγαγεν ἐξ Ἄνδρου εἰς Ἀθήνας.
Ἡ σύλληψις καὶ μεταγωγὴ τοῦ Καΐρη συνετάραξε πολὺ τὴν κοινωνίαν· διότι οἱ μὲν ἄγαν ὀρθόδοξοι ἀπῄτουν ταχίστην τὴν καταδίκην τοῦ ἐπικινδύνου αἱρετικοῦ, οἱ δὲ φιλελεύθεροι, ἐν οἷς καὶ οἱ περὶ τὸν Φαρμακίδην ἐθεώρησαν τὸν τρόπον τῆς μεταγωγῆς ἐκείνου ὡς λίαν σκληρὸν καὶ βλαβερόν, οἱ δὲ πολλοὶ ἐφαντάζοντο ὅτι μέγας τις κίνδυνος ἠπείλει τὴν ὀρθοδοξίαν, ἐφ’ ᾧ καὶ ἔπλασσον ἐν τῷ νῷ παντοίας πεπλανημένοις φαντασιοπληξίας.
Ὁ θρησκευτικὸς σάλος ἦτο κυρίως μέγας ἐν τοῖς νησιώταις καὶ μάλιστα ἐν Ἄνδρῳ, ἔνθα ὑπῆρχον ὀπαδοὶ τοῦ Καΐρη θερμουργοὶ, θεωροῦντες αὐτὸν ὡς ἄνδρα θεσπέσιον καταδιωκόμενον ὑπὸ τῶν κληρικῶν, ὧν ἤλεγχε τὸν ἄσεμνον βίον. Ἐκ τοῦ κοινοῦ τούτου ταράχου ἐκλονήθη καὶ σύνοδος καὶ κυβέρνησις, ἐξ ὧν ἐκείνη μὲν ἐπεδείκνυτο μέγαν ἱερὸν ζῆλον πρὸς σωτηρίαν τῆς δῆθεν κινδυνευούσης θρησκείας, αὐτὴ δὲ φοβουμένη πολιτικὴν μηχανορραφίαν ἀνθημιλλᾶτο πρὸς ἐκείνην ταχέως πράττουσα καὶ ἀποφασίζουσα τὰ δεδογμένα.
Ἡ ταχύτης ὅμως τῶν περὶ τὴν Ἱερὰν Σύνοδον ἦτο τοσαύτη ὥστε ἡ κυβέρνησις ἠναγκάσθη νὰ ἀναστείλῃ, πρὸς καιρὸν, τὴν ἀκάθεκτον ὁρμὴν αὐτῆς. Τὴν ὀργὴν δὲ τῆς συνόδου καὶ, κατ’ ἀκολουθίαν, τὴν πρὸς τὴν καταδίκην εὐεπιφορίαν αὐτῆς ἐξῆπτεν ἔτι μᾶλλον η σταθερά ἄρνησις τοῦ Καΐρη, ὅστις καίπερ προτρεπόμενος ὑπὸ
