Ὑπὸ τὴν πρωτοβουλίαν τῶν «λευκορειτῶν» χιλιάδες ὁπλοφόρων ἐπῆραν τὰ βουνά.
Τὸ 1894 ἡ σύζυγός του ἀπέθανε. Τοῦ ἀφῆκε δύο υἱοὺς εἰς νηπιακὴν ἡλικίαν. Ἡ οἰκογενειακή του ζωὴ ἔγινε πένθιμος. Ἔπρεπε νὰ ἐργάζεται διὰ τὴν ἀνατροφὴν τῶν τέκνων του, ἦτο μόνος καὶ ἠσθάνετο τὰς συμφορὰς τῆς Κρήτης περισσότερον ἀπὸ τὰς ἰδικάς του. Τὸν ἐνθυμοῦνται νὰ κάμνῃ, μὲ ὅλους τοὺς καιρούς, μακρυνούς περιπάτους.
Μετὰ τὰς σφαγὰς τοῦ 1896, ἡ Κρήτη κατελήφθη ὑπὸ ἑλληνικοῦ στρατοῦ. Εἰς τὴν νῆσον ἐγίνοντο σκληρότατοι ἀγῶνες καὶ ἐξερράγη συγχρόνως ὁ ἐλληνοτουρκικὸς πόλεμος τοῦ 1897. Ὁ Βενιζέλος ἀπέβη ἐκ τῶν κυριωτέρων πολιτικῶν καὶ πολεμικῶν ἀρχηγῶν τῆς Κρήτης. Οὐσιαστικῶς ὁ πρῶτος. Τόλμη, ὀξυτάτη ἀντίληψις, σύνεσις, ἀτομικὴ γενναιότης, πρωτοβουλία, ἐφευτικότης, τὸν ἐχαρακτήριζαν. Τῇ προτάσει του ἱδρύθη τὸ ἐπαναστατικὸν στρατόπεδον τοῦ Ἀκρωτηρίου, λόγω τῆς ἐπικαίρου θέσεώς του ἐπὶ τῶν Χανίων καὶ τῆς Σούδας. Ἐκ τῆς ἐκεῖ μονῆς τῆς Ἁγίας Τριάδος συνέταξεν ὁ Βενιζέλος τὸ ἱστορικὸν ψήφισμα τῆς ἑνώσεως. Ἀλλ’ ἡ χερσόνησος τοῦ Ἀκρωτηρίου ἀνῆκεν εἰς τὴν ζώνην τῆς προστασίας τῶν μεγάλων δυνάμεων. Οἱ ἐπαναστάται διετάχθησαν νὰ ἀποσυρθοῦν. Ἐπέμεναν. Οἱ διεθνεῖς στόλοι τοὺς ἐβομβάρδισαν φοβερά. Οἱ Τοῦρκοι ἐστρατοπέδευσαν ἀπὸ τὴν ἄλλην πλευράν. Ὁ Βενιζέλος, μὲ τοὺς συμπολεμιστάς του δὲν ἐκλονίσθησαν. Τὴν ἄλλην ἡμέραν, 11 Φεβρουαρίου 1897, ἐπάνω εἰς ἕνα κιβώτιον φυσιγγίων ἔγραψε διακοίνωσιν τῆς ἐπαναστατικῆς ἐπιτροπῆς πρὸς τοὺς ναυάρχους. Ὁ παρευρισκόμενος βουλευτὴς Ἐπιδαύρου καὶ πρώην ὑπουργὸς Κωνσταντῖνος Παπαμιχαλόπουλος, ὅστις ἐδιάβασε τὸ ἔγγραφον, ἐνηγκαλίσθη δακρύων τὸν Βενιζέλον. Ἦτο ἡ πρώτη διπλωματική του διακοίνωσις.
Μέχρι τῆς ἐλεύσεως τοῦ πρίγκηπος Γεωργίου ὁ Βενιζέλος ἐπρωτοστάτησεν ἀδιακόπως εἰς τοὺς στρατιωτικοὺς καὶ πολιτικοὺς ἀγῶνας, ἐκλεγεὶς καὶ πρόεδρος τῆς κρητικῆς συνελεύσεως τῶν Ἀρμένων. Μετὰ τὴν ἄφιξιν τοῦ βασιλόπαιδος ἁρμοστοῦ (9 Δεκεμβρίου 1898) ὁ Βενιζέλος ὡρίσθη μεταξὺ τῶν συντακτῶν τοῦ νέου πολιτεύματος καὶ βραδύτερον σύμβουλος (ὑπουργὸς) τῆς Δικαιοσύνης. Αἱ εἰς τὴν ἐσωτερικὴν διοίκησιν ἀπολυταρχικαὶ διαθέσεις τοῦ πρίγκηπος, ἡ ἄτοπος ἀνάμιξις τοῦ γραμματέως του Α. Παπαδιαμαντοπούλου εἰς κυβερνητικὰς ὑποθέσεις καὶ ἡ αὐθαίρετος διαχείρισις τοῦ ἐθνικοῦ ζητήματος ὑπὸ τοῦ ἡγεμόνος, ἐπέφεραν τὴν διαφωνίαν του μὲ τὸν Βενιζέλον, ἥτις ἀπέληξεν εἰς τὴν ἀπομάκρυνσιν τούτου ἐκ τῆς κυβερνήσεως—18 Μαρτίου 1901. Ἀπὸ τῆς ἐποχῆς ἐκείνης ἕως τὸ 1905 διεξήχθη δραματικὸς ἀγὼν μεταξὺ τοῦ ἁρμοστοῦ καὶ τοῦ Βενιζέλου. Παρὰ τὴν συκοφαντίαν, τὰς πιέσεις καὶ τὴν φανερὰν καταπάτησιν τοῦ πολιτεύματος ὑπὸ τοῦ βασιλόπαιδος, ὁ Βενιζέλος ἐκράτησεν ἀπτόητος τὴν νόμιμον ἐναντίον τῆς αὐθαιρεσίας ἀντίστασιν. Ἐφυλακίσθη εἰς τὸ φρούριον Ἰτζεδδίν, ἐπειδὴ ὑπερησπίσθη μὲ περισσοτέραν τοῦ δέοντος ζωηρότητα τὴν μνήμην τοῦ πατρός του! Ὅταν ὅμως ὁ πρίγκηψ, προκηρύξας ἐκλογάς, ἐξῆλθεν εἰς περιοδείαν ὡς ἀρχηγὸς
