ἰδεῶν ἐκράτυναν τὴν περὶ αὐτοῦ προηγηθεῖσαν ἀρίστην φήμην. Ὡς καθηγητὴς τῆς Ἱστορίας ἐν τῷ Πανεπιστημίῳ κατέλιπεν ἀξιομνημόνευτον ἐποχήν. Εἰς τὰς παραδόσεις αὐτοῦ συνωστίζοντο ἀθρόοι καὶ μέχρις ἀποπνιγμοῦ οὐ μόνον οἱ φοιτηταὶ πασῶν ἀνεξαιρέτως τῶν Σχολῶν, ἀλλὰ καὶ πλεῖστοι ἔξωθεν λόγιοι, βιομήχανοι, ἔμποροι, καὶ πάσης τάξεως ἀστοὶ πλημμυροῦντες καὶ τὰς παρακειμένας αἰθούσας, τοὺς διαδρόμους, τὰ ὑπόστοα καὶ τὰ προπύλαια ἔτι αὐτὰ τοῦ Πανεπιστημίου, ὅπως ἐνωτισθῶσι τῆς μελισταγοῦς εὐφραδείας τοῦ σοφοῦ ἱστορικοῦ, ἀπὸ τὰ χείλη τοῦ ὁποίου ἐξηρτᾶτο ὅλον ἐκεῖνο τὸ συμπαγὲς ἑκάστοτε πλῆθος καὶ ὅςτις ἐγνώριζε νὰ ἠλεκτρίζῃ αὐτὸ εἰς ἐνθουσιασμὸν πρὸς τὰ διδάγματα τῆς ἐθνικῆς ἡμῶν ἱστορίας. Τὸν Δεκέμβριον τοῦ 1863 ἐδημοσίευσε τὴν περισπούδαστον πραγματείαν: Τρία μαθήματα περὶ Ὁμήρου καὶ Ὁμηρικοῦ ζητήματος, δι’ ἧς ἐπεσφραγίσθη ἡ περὶ τὴν ἀρχαίαν φιλολογίαν δεινότης τοῦ Βερναρδάκη. Ἀλλ’ ἔτι μᾶλλον ἐστερέωσεν αὐτὴν ἐν τῇ συνειδήσει καὶ τῶν ἀλλοδαπῶν σοφῶν ἑλληνιστῶν, ὅταν, σπουδαστὴς ἔτι ὧν ἐν Γερμανία, συνέθετο κατ’ ἐντολὴν τῶν αὐτόθι ὁμογενῶν συσπουδαστῶν ᾠδὴν πινδαρικὴν ἐπὶ τῇ εἰκοσιπενταετηρίδα τοῦ Φιλέλληνος Θειρσίου, ἣν ὁ σοφὸς ἐν Γοτίγγῃ ἑλληνιστὴς Ἐλλισσὲν δημοσιεύσας ἐν τῷ ὑπ’ αὐτοῦ ἐκδιδομένῳ περιωνύμῳ περιοδικῷ ἀποφαίνεται ὅτι ἐξ ὅλων τῶν ἐπὶ ἑλληνομαθείᾳ φημιζομένων φιλολόγων καὶ μυστῶν τῆς ἀρχαίας γλώσσης ὅσοι ἔγραψαν κατὰ τὸ ἀρχαῖον ἰδίωμα, μόνον δύο ᾠδὰς κρίνει ἀπταίστως καὶ καθ’ ὅλους τοὺς κανόνας γεγραμμένας, ἐκείνην τοῦ Βερναρδάκη καὶ ἑτέραν τοῦ Φιλίππου Ἰωάννου.
Ἐκτὸς τῶν ποιητικῶν καὶ τῶν καθαρῶς φιλολογικῶν ἔργων ὁ Βερναρδάκης ἠσχολήθη περὶ τὴν ἐκπόνησιν καὶ πλείστων διδακτικῶν βιβλίων, τὰ ὁποῖα ἔτυχον ἀρίστης ὑποδοχῆς ὑπὸ του διδασκαλικοῦ κόσμου καὶ εἰςήχθησαν
